El siguiente elemento en el código EMS es el número designado al color de ojos, el cual debe ser usado en aquellas razas que son juzgadas en clases separadas acordes con el color de ojos. En los Persas blancos y en los British, por ejemplo, hay ojos azules, ojos cobre y colores impares dentro de la categoría de blancos. El color azul de ojos que resulta del gen de los Himalayos en los Siameses es también diferente de los de otros gatos blancos de ojos azules. Por lo tanto, a los ojos azules del Himalayo se le da un código diferente. El color cobre o amarillo en muchos Persas y British son diferentes del color de ojos amarillo del Burmese. Así, los ojos amarillos en Persas y British se les da un código diferente.
El código para el color de ojos puede ser omitido cuando una raza, como el Burmese por ejemplo, está limitado a un único color de ojos. Lo mismo se aplica a los Siameses y con algunos Persas y British, por ejemplo, los negros, azules, crema, rojos, etc.. los cuales deben tener todos ojos cobre acorde con lo especificado en su standard.
Esto es, de todas formas, necesario escribir el código de color de ojos con los gatos blancos (Persas, British y otras razas, como hemos comentado anteriormente).
Así, un Persa blanco con ojos azules se escribe 'PER w 61' un British con ojos cobre sería 'BRI w 62' y un Main Coon blanco con ojos dispares: un 'MCO w 63'
El color de ojos también debe ser codificado para los Persas silver tabby, por que ahora son juzgados en dos clases de acuerdo con su color de ojos, verde o cobre.
Por lo tanto, un Persa silver tabby de ojos cobre es un 'PER ns 22 62' El código EMS para el Persa silver tabby de ojos verdes es un 'PER nas 22 64' (en estas anotaciones el código de la raza 'PER' va seguido de 'n' negro, 's' silver, '22' del dibujo tabby Blotched y finalmente '62' o '64' para el color de ojos.)
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